1790 — Pendant la révolution française, les Visitandines se réfugient à Annecy, dans leur maison mère du Duché de Savoie. L’église est démolie à ce moment là.
L’espace est déserté en 1790 par les sœurs et c’est en 1807 que le couvent est mis à la disposition de l’armée qui récupérera le site comme lieu de campement et de stockage pour les militaires de nombreux forts environnants.
1825 > 1841 — L’armée construit en 1825-1830 une caserne de cavalerie sur un étage. On la cassera pour reconstruire en 1840 le grand carré qu’on appellera la Manutention de Sainte Marie-des-Chaînes.
En 1841 l’ensemble du site prend le nom de Manutention militaire.
1853-1890 — On fait venir le blé et l’armée construira un premier moulin en 1853 sur le lieu de la chaufferie actuelle, côté ouest. Il se révèle rapidement insuffisant, un deuxième moulin est construit en 1870 (administration) et un troisième en 1890 derrière l’accueil. 20 ans sépare la construction des moulins malgré l’unité architecturale. L’armée exploite alors 3 moulins et les 6 fours de la boulangerie.
1914 – 1995 — Pendant la guerre de 1914, en raison de besoins plus importants, on multiplie la construction des fours dans chacune des arcades du couvent et on les bouche. On peut retrouver aujourd’hui la pierre de l’ouest lyonnais de différentes couleurs, les ouvertures sur le réfectoire et les corniches alors coupées pour construire les cheminées en brique des fours. On aura alors 18 fours fonctionnant jour et nuit pour fabriquer le pain de toutes les armées en campagne à travers tout le site et ce, jusqu’en 1991 pour !la guerre du Golfe.
En 1941 le site est rebaptisé Subsistances Militaires.
La Boulangerie contenait 6 fours, trois de chaque côté et 6 cheminées toujours d’origine. On apportait le charbon par la galerie qui date de 1920. Elle a une architecture d’église avec ses voûtes en croisées d’ogives, contreforts et arcatures extérieurs. Elle est aujourd’hui aménagée en salle de spectacle pouvant contenir un gradin de 123 personnes, loges et locaux annexes.
Ressemblant aujourd’hui à une orangerie, la Billetterie était à l’époque la chaufferie du moulin qui servait à produire de la vapeur et faire tourner les meules. Cette salle avait une immense cheminée de 40m de hauteur et était reliée aux deux autres chaufferies par les souterrains. La deuxième chaufferie symétrique à la première a été détruite car moins attractive.
Les moulins étaient à l’origine un tiers vide, sans plancher. Trois silos à grains occupaient l’espace avec les meules activées par les machineries, elles-mêmes activées par la vapeur produite par la chaufferie. Une grande cheminée en brique surélevait le tout. Des ouvertures étaient prévues pour la ventilation avec des persiennes orientables en bois à chaque fenêtre. On peut encore apercevoir les crochets permettant de monter les sacs de blé. Les passerelles permettaient de passer de l’entrepôt aux moulins et sont d’origine.
La cour couverte date de 1870 et a été construite par l’école Eiffel. Elle s’étend sur 1500 m2 et peut accueillir 1500 personnes. L’entrée d’origine se trouvait au milieu de la cour et desservait les bureaux administratifs de l’armée.
Les quarante années (1840-1890) de construction de la Manutention ont conservé une unité architecturale type entrepôt. Sur les 22000 m2, 14000 m2 sont du même type. Les fenêtres sont très régulières pour éclairer mais surtout ventiler les entrepôts.